교육부가 국립대인 한국체육대학교, 한국방송통신대학교, 공주대학교에서 선정하여 추천한 총장임용후보자의 임용제청을 반복적으로 거부해 논란이 되고 있다.
지난 3월 공주대학교는 총장임용후보자 1순위와 2순위를 교육부에 임용추천하였으나, 교육부는 7월 1, 2순위 모두 총장으로 부적합하다며 총장임용후보자를 재선정하여 추천할 것을 통보하였다. 이에 대한 근거는 제시하지 않았다.
이와 관련, 서울행정법원은 지난 9월 30일 교육부의 임용제청 거부는 행정절차법에 위배되므로 '공주대학교 총장 임용제청 거부처분을 취소한다'고 판결하였다. 행정절차법 제23조에는 행정청이 행정처분을 할 때 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하도록 하고 있다.
이에 공주대학교 교수회는 지난 16일 성명서를 내고 "(교육부의 임용제청 거부는) 공주대학교와 전체 구성원의 명예 훼손과, 헌법이 보장하는 학문의 자유와 대학 자치권 침해"라며, 교육부에 임용제청 거부철회를 요구했다.
교수회는 "교육부는 사법부의 공정한 판결을 수용하여, 학내 갈등을 악화시키고 대학의 자율성을 침해하는 새로운 총장임용후보자 재선정 요구를 중단하라"고 밝혔다.
정민걸 제15대 교수회장은 기자와의 인터뷰에서 "반복되는 총장임용 제청거부는 국립대 길들이기"라고 목소리를 높였다.
한편, 황우여 교육부 장관은 지난 8일 국정감사에서 "국립대 총장 임명제청 거부사유를 공개하겠다"고 밝혔다.