NLL 대화록이 국가기록원에 이관되지 않았다는 결론이 나오면서 논란이 재점화됐다. 특히 검찰이 봉하 이지원 사본에서 삭제된 회의록을 복구하면서 누가 회의록을 삭제했으며 왜 국가기록원으로 이관되지 않았는지를 두고 공방이 거세다. 

야당은 노무현 전 대통령이 삭제를 지시했다는 여당의 주장을 완강히 부인했다. 전해철 민주당 의원은 <이슈 털어주는 남자>(이털남)와 한 인터뷰에서 "조명균 전 비서관이 조사를 받은 이후 나온 결론은 노 전 대통령은 (국정원 보관본과 같은) 종이문서의 삭제를 지시했을 뿐 이지원에서 삭제를 지시한 사실은 전혀 없다는 것"이라 주장했다. 또 전 의원은 노 전 대통령이 조 전 비서관을 통해 회의록 초본 삭제를 지시한 정황을 검찰이 확보했다는 <경향신문> 보도와 관련해 "전혀 사실이 아니"라며 '오보'라고 단정했다.

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"삭제 지시한 것은 종이문서, 전자문서 삭제 지시 없었다"

"이지원 사본에는 목록이 없는 초안상태의 대화록과 완비된 형태의 최종본이 있다. 국가기록원에 초안이 없는 것은 당연하지만 최종본이 없는 것에 대해서는 그 경위를 밝혀야 한다. 가능성은 두 가지일 것이다. 한 가지는 노 전 대통령이 삭제를 지시했을 가능성이고, 다른 한 가지는 기술적·절차적인 문제로 넘어가지 않았을 가능성이다. 그런데 지난 토요일 조명균 전 비서관이 조사를 받은 이후 나온 언론보도를 종합해보면 분명한 것은 노 전 대통령이 이지원에서 삭제를 지시한 사실은 전혀 없고, 당시 만들어졌던 종이문서로 된 대화록을 국정원에 한 부 남기는 대신 파기 지시한 것은 사실이라는 것이다. 그러니까 첫 번째 가능성은 전혀 아니라고 밝혀진 것이다. … 회의록 초본을 노 전 대통령의 지시에 따라 조 전 비서관이 이지원 기술설계자인 박아무개씨를 통해 삭제한 정황을 검찰이 확보했다는 <경향신문>의 보도는 전혀 사실이 아니다. 노 전 대통령이 삭제를 지시한 것은 종이문서였지 전자문서는 어떠한 삭제 지시도 없었다. 그리고 초본은 실무적인 관례에 따라 최종본이 완성됐기 때문에 실무선에서 알아서 삭제한 것이다." 

"음원공개는 외교적으로 엄청난 악영향"

"현재 여당은 음원공개를 주장하는데 음원은 정상들의 육성이 담겨있기 때문에 외교적으로 엄청난 악영향을 줄 것이다. 세계 외교사에 있어서도 정말 좋지 않은 선례를 남기는 것이다. 음원공개를 하지 않고서도 초안과 최종본, 그리고 국정원 보관본을 비교 확인하는 것으로 실체적 진실을 파악할 수 있다. 그것으로도 미진하다면 다른 조치를 생각해봐야겠지만, 음원공개는 정쟁의 연장선상일뿐더러 외교 관행에 전혀 맞지 않으므로 지금 할 수 있는 방법을 하는 것이 우선이다."

"(문재인 의원이 소환조사 대상이 될 가능성과 관련해) 문재인 의원이 만약 기록원에 대화록이 없다는 사실을 알았다면 그 대화록을 열람하자고 주장했겠나. 당연히 모른 것이다. 또 당시 직책이 비서실장이라고 하더라도 이와 관련한 지시를 내리거나 이행한 경우도 전혀 없다. 다만 직책이 비서실장이었다고 해서 소환 운운하는 것 역시 전형적인 정치공세라고 본다."