MDGA1은 억제성, MDGA2는 흥분성 시냅스에서 특이적으로 작용하여 서로 다른 분자기전들을 통해 시냅스 신호전달 및 시냅스 강도를 음성적으로 조절하는 인자임. 흥분성 시냅스 (왼쪽)에서는 MDGA2는 neuroligin 단백질 경로를 방해하여 AMPA 수용체 기능을 조절하고 추가로 MAM 도메인 기전을 방해하여 NMDA 수용체 기능을 방해한다. 억제성 시냅스에서는 MDGA1은 MAM 도메인 기전을 특이적으로 방해하여 GABAA 수용체 기능을 방해한다. APP 단백질이 어떻게 억제성 시냅스 조직화에 기여하는지에 대해서는 아직까지 명확하지 않음.